estuve viendo tu articulo joseba, la verdad que esta bien...
para la version monolitica, estoy pensando en un sistema donde no haya que tocar nada, que en tiempo de compilacion se generen un par de archivos auxiliares y con eso se compilen los 2 ejecutables, puede ser en base a los modulos que se encuentren en el directorio modules o quizas a un archivo tipo un .import/.list donde se indiquen que librerias se quiere incluir en el monolitico, tengo que pensar que conviene mas... ya que hay modulos que no deben compilarse juntos (mathi y math, por ejemplo).
pero podria ser relativamente simple montarlo.