Para redimensionar un gráfico no existe una función, tienes que crear uno nuevo y copiar el viejo sobre él.
Sin embargo, para borrar creo que map_clear es lo que buscas, que no sólo te lo pone en transparente, puedes hacerlo con cualquier color. O si no, hay otro método si usas procesos o copias de mapas: usar el flag 128 (NO_COLOR_KEY), de esta forma, al copiar el mapa ignorará el color transparente, es decir, copiará TAMBIEN el color cero, como si el mapa origen no tuviera transparencias, pero si que las verás en el mapa destino.
Supongo que hablo más que los demás porque ya tengo experiencia en estas lides, mi editor me llevó más de dos meses de programación, aun con el motor de tiles ya hecho, y se me quedaron muchas cosas en el tintero: animaciones, seleccionar los mapas que queremos ver, pegar bloques de tiles, dibujo en varias capas... incluso tenía algo similar a lo que tu has hecho: definir capas especiales (yo había pensado en una capa de números, que mostrase eso, números, no gráficos, para que el diseñador los interpretase como quisiese (enemigo, item...)). Tengo pensado retomarlo (de hecho, antes de ponerme con el motor de tiles ya estuve con las funciones de manejo del fichero de configuración), pero tengo otras prioridades.