Bueno, como este es el diario de desarrollo, les cuento algunas cosas.
Estuve leyendo algunas incidencias de Pixtudio en bitbucket y estuve tratando de implementar algunas soluciones.
1) Utilizar cuadro de mensajes de SDL.

Ejemplo:
import "mod_video"
import "mod_wm"
import "mod_key"
import "mod_text"
import "mod_say"
Process main()
private
int buttonid;
Begin
set_mode(640, 480, MODE_WINDOW);
write(0, 320, 240, 4, "Press enter");
while(! key(_enter))
FRAME;
end
while(buttonid != MB_OK)
buttonid = messagebox(MESSAGEBOX_INFORMATION, "Message title", "Show other MessageBox?", MB_YES | MB_NO);
if (buttonid == MB_YES)
buttonid = messagebox(MESSAGEBOX_WARNING, "Message title", "Exit ?", MB_OK | MB_CANCEL | MB_RETRY);
end
FRAME;
end
End
(Hmm, el MESSAGEBOX_INFORMATION no debería hacer algo? no me había dado cuenta

)
Combinaciones posibles:
MB_YES | MB_NO
MB_YES | MB_NO | MB_CANCEL
MB_YES | MB_NO | MB_RETRY
MB_OK | MB_CANCEL
MB_OK | MB_CANCEL | MB_RETRY
He individuales, es decir, solamente MB_OK por ejemplo.
Funciona, pero el fondo de la ventana no se actualiza, osea que al mover el cuadro de mensaje se dibuja el arrastre en la ventana, nada lo deje ahí y no mire más. Y para colmo no se nada del lenguaje de bennu, frame y no se que, le robe un ejemplo a Pixtudio y eso

2) En linux, poder usar enlaces(accesos directos) hacia el programa pxtp con nombre diferente a pxtp.
Por ejemplo un archivo de enlace.
/home/yope/pxtp -> /usr/bin/pxtp
Ahora le puedes colocar el nombre que quieras, por ejemplo space_war
home/yope/space_war -> /usr/bin/pxtp
Y no mas segfault

Todo muy lindo, pero después ví que existen esos archivos standalone no se que:
standalone = (pxtrtm_strncmpi(appexename, "pxtp", 4) == 0);
Faltaría probar eso.
Nada, por charlar.
https://bitbucket.org/daltomi/pixtudio/branches/