Hola, yo no tengo mucha idea de linux, pero vaya.. que el error EOF suele pasar cuando el formato del archivo no es standar, por ejemplo, si el .prg está editado en un editor desde windows lo normal no es que se guarde en formato UTF-8, pero casi seguro que es necesario que esté en ese formato en linux.
Te lo comento por que yo he tenido mucho lio con esta chorrada en mac, solo por que el programa estaba escrito desde el notepad de windows.
Si te sirve de algo esta info.. aunque no te aseguro que tenga que ver pero revisalo por si acaso.