Resueltoooooo!!!
Efectivamente es necesario añadir un manifest al bgdi. Esto además debería estar en el bgdi de la última release.
Los pasos a seguir son:
1: Descargar/Instalar el SDK de windows.
2: En la ubicación de la carpeta donde tenemos el bgdi.exe generamos un ficherro llamado bgdi.manifest con el contenido de más abajo.
3: Buscar el fichero ejecutable mt.exe (Usualmente algo así:C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.15063.0\x86)
4: Desde la ubicación de mt (desde consola de comandos), ejecutar: mt.exe -manifest "ruta fichero bgdi.manifest" -outputresource:"ruta del fichero bgdi.exe"
Contenido del fichero:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<asmv1:assembly manifestVersion="1.0" xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" xmlns:asmv1="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1"
xmlns:asmv2="urn:schemas-microsoft-com:asm.v2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<assemblyIdentity version="1.0.0.0" name="bgdi.exe"/>
<trustInfo xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v2">
<security>
<requestedPrivileges xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v3">
<requestedExecutionLevel level="asInvoker" uiAccess="false" />
</requestedPrivileges>
</security>
</trustInfo>
<compatibility xmlns="urn:schemas-microsoft-com:compatibility.v1">
<application>
<supportedOS Id="{1f676c76-80e1-4239-95bb-83d0f6d0da78}"/>
</application>
</compatibility>
<asmv3:application xmlns:asmv3="urn:schemas-microsoft-com:asm.v3">
<asmv3:windowsSettings
xmlns="http://schemas.microsoft.com/SMI/2005/WindowsSettings">
<dpiAware>True/PM</dpiAware>
</asmv3:windowsSettings>
</asmv3:application>
</asmv1:assembly>
He encontrado este fichero por Internet y la verdad no he hecho demasiadas pruebas, por lo que es posible que algo de ahí sobre, pero por lo pronto arregla el problema del DPI/PPP entre windows...
Estaría interesante que SplinterGU añadiera esto al último bgdi. (Splinter, si quieres te lo puedo hacer yo mismo el cambio y tu actualizas el fichero.)
Un saludo señores.
PD: Gracias Panreyes, me diste la pista correcta y a ti también Javis, que lo comentaste primero.