Pues lo cierto es que no, más que nada porque pocos juegos he visto que lo hagan, siempre se han hecho escenarios abiertos de cara a la cámara, y si había algo que tapase al personaje era un puente o un sprite.
Sería un poco complicado implementar eso. Hombre, actualmente se pueden saber qué tiles están más lejos o cerca de la cámara (porque se dibujan de lejanos a cercanos) y la altura, pero dependería de la posición de los sprites y de la cantidad de tiles que se vean por encima (pueden haber varios tiles en la misma posición de pantalla), y como ya dije, este motor no integra a los sprites (más adelante haré otro basado en este que los tenga en cuenta).
No obstante, se puede acceder a la lista de procesos tile para hacerle todas las perrerías que se os ocurran (ottia, que no he hecho nada para que se puedan identificar ^^U).
PD: acabo de caer en la cuenta de que en ortogonal es muchísimo más sencillo, y en isométrica si se usa el modo de "capas cubren enteramente a las de debajo" tambié se le podría definir un grado de transparencia por capa. Lo pensaré para esos modos.
PD2: Finalmente, para la quedada de ayer, hice las pruebas definitivas del scroll: el isométrico con la pantalla a 320x240, con tiles de 32x16 y 2 lineas/columnas extra ha funcionado a 5 míseros fps con UFenix (32 si se quedaba quieto)... ¡¡y 32 fps con Bennu!! En teoría podría mover medio Sonic 3D, lo cual creo que es bastante.
Eso si, el scroll normal, con el nivel de FLand va entre 67 y 125 fps según la carga de tiles (casi sin tiles se dispara a más de 135). Y porque no sé cómo overclockear la consola.