Pues a la gran idea de gecko, sumo otra que me parece muy útil y no se si conocereis ya. Existe un plugin, que suele venir por defecto, en el Notepad++ que se llama NppExec que realiza también tareas de ejecución de scripts, pero con más características que el comando ejecutar. Entre ellas, está la inclusión de una ventana de consola donde muestra todos los resultados por pantalla y, la más interesante, permite el resaltado por colores y formato de los resultados que aparecen por consola e incluso reconocer si es una línea de error y a que linea pertenece, permitiendo con doble click en ese error, apuntar directamente a la linea que dió el error! Por otro lado, tiene todas las características que proporcionaba el ejecutar normal de notepad, esto es, atajos de teclado para cada ejecución, y listado rápido en el menu desplegable
Esta es la pinta que tiene:

Esta es la configuracion para los filtros de consola:

[ACTUALIZO]: Se me olvidó comentar también, que para la gente que no le funcionaba el coloreador de sintaxis para Notepad++ que hay colgado por el foro, el problema es que en las nuevas versiones de Notepad, los archivos de configuración los guarda en la carpeta de Datos de programa de cada usuario de Windows, por eso no funciona el copiar el Userdefinelan.xml al directorio del programa.