1- Yo he usado siempre el mouse.left sin problemas, no se como se usaría el mouse.right pero si puedes cambialo, debe funcionar bien con la versión anterior del main que venia sin el mod_multi. seguramente si estás usando el explodium tenga el viejo main, así que casi seguro al 100% que el mouse.left te va a funcionar bien.
2 - Lo de que aparezca la barra laterial es un bug, pero no lo consideraría como tal ya que has dicho que tienes un iPhone 3G o 3GS y bueno.. esto joseba lo sabe muy bien.. los de apple no lo ponen nada facil para estandarizar la aplicación en todos los iCacharros.. cada nueva versión de iOS cambia el sistema y se joroba algo, supongo que en un iPhone 4, 4GS funcionará bien ya que yo he publicado para iPhone 4 minimo y funcionaba perfecto, creo que será cosa de la versión de tu iOS, recuerdo que también sucedía lo mismo con las versiones mas nuevas de iOS.
3 - Según mi experiencia esto es normal hasta en juegos como el fantastico Final Fantasy 3 de Square Enix, a mi me pasa igual, supongo que se debe ajustar desde la configuración del propio teléfono, por que todos los juegos que hemos publicado tienen esto, pero todos los de pago "caros de las grandes compañias" también lo tienen, así que seguro que se trata de algo a configurar en el iPhone.
Y como recomendación final, con el motor por software de BennuGD te recomiendo que programes todos los juegos para iPhone a 480x320@16BPP, he hecho muchisimas pruebas de rendimiento a esa resolución y aguanta como un señor, ya si pasas de estos parámetros es probar haber que tal, pero a esa resolución va como un tiro en cualquier iPhone.