A mi me pasa que tengo que cambiar el lenguaje del fichero en Notepad++ a Bennu, y después darle a refrescar en la lista (o guardar los cambios del fichero, en ambos vale). En caso de que hayas creado un "fichero de lenguaje" nuevo, la cosa es algo más complicada, creo que había que abrir un fichero de texto del propio Notepad++ y añadir tu "lenguaje" a una lista para que el identificador de funciones trabaje.
No te puedo mirar ahora los pasos exactos, pero si sigues teniendo problemas, te lo puedo buscar. No es difícil de encontrar.