Vaya, eso no lo había tenido en cuenta. No hay demasiado problema. La licencia zlib es
compatible con la GPL.
Lo único que ocurre es que los módulos que usen esos ficheros están regidos por la licencia GPL.
Me imagino que iría bien tener un flag para el configure que habilitara/deshabilitara la compilación con la funcionalidad extra que aporten esos ficheros. FFMPEG lo hace así; según los flags de compilación que se usen, el binario tiene una licencia u otra.
Lo que yo sí que tendré que hacer es deshabilitarlos en el build para iOS de forma que no haya problemas.
No creo que haya problemas en la práctica porque en iOS (que al final es donde están los problemas con la GPL) no creo que interese hacer el escalado y en el resto de plataformas probablemente no habrá problema en tener dos o tres módulos con licencia GPL.